黄岗山南麓位于福建省，北麓位于江西省。黄岗山的具体地理位置在福建省武夷山市杨庄乡和江西省铅山县武夷山镇。由于黄岗山来自不同省份，黄岗山的管理单位分别是江西省铅山县武夷山自然保护区和福建省武夷山自然保护区。