主要区别有:激光是单色相干光源，所以对单一目标色基选择性高，破坏力强；但强脉冲光是多色非相干光源，对单个目标发色团的破坏力比激光弱。但能同时治疗色素、血管、水等多种目标发色团，所以对于复杂的皮损更有优势。

激光是固定波长的单色光，而强脉冲光的波长在420-1200之间，光谱宽，容易调节。与固定不可调的激光不同，强脉冲光的脉宽一般是连续可调的。强脉冲光每次可以选择1-3个脉冲，光斑大，而激光只有单个脉冲，光斑很小。强脉冲光是一种以脉冲方式发射的强光，可以使光发射时发射的能量和脉冲延迟，使目标组织降温，从而保证治疗的安全性。强脉冲光包含一系列波长，而激光在治疗上更有针对性，比如去除斑点或痘印。