花土沟镇地势西北高东南低，山呈峰叠的阿尔金山雄峙其北，白雪皑皑的阿喀祁漫塔格山高耸其西南，形成山盆相间的地形格局。除北部阿哈提山、西南部阿喀祁漫塔格山海拔高度在3800米以上外，约占全镇总面积80%的盆地区海拔高度在2689-3800米之间。且荒漠戈壁和流动沙丘占全镇面积的三分之二以上。全镇生态异常脆弱，无自然植被分布和覆盖，只在城镇内有少部分人工绿化林及园林。
　　花土沟镇属于大陆荒漠区气候类型。风多雨少、寒冷干燥、冬长夏短，四季不分明、昼夜温差大是其主要特征，也是环境艰苦、制约经济发展的重要因素。全年平均气温3.8℃，最热天气为7月份，平均18.5℃，极端最高气温30.6℃，最冷天气为1月，平均气温-12.4℃，极端最低气温-25.3℃。年降雨量44毫米，相对湿度30%，年大风天气为125天以上，多为西北风，多为8级以上大风，年平均风速3.1米/秒，最大风速22.3米/秒，年日照时数3173.2小时，日照率72%，无霜期为90天。
　　2自然资源编辑资源丰富，种类繁多。现初步探明的矿产有煤、石油、天然气、铁、铜、铅、锌、金、银、锂、锶、磷、钾、镁、盐、硼、芒硝、蛇纹岩、石膏、石棉、滑石、石灰岩、粘土、水晶、云母等。其中,天青石储量为1592.9万吨，占世界的66%。石油、天然气、钾盐、芒硝储量也非常丰富，其它如金、银、锂、锌等在全省占有一定的比例。此外，还有野牦牛、野骆驼、野马、雪豹、藏羚羊、野驴（国家Ⅰ级保护动物）和棕熊、黄羊、岩羊、猞猁、藏雪鸡（国家Ⅱ级保护动物）等110多种野生动物，锁阳、甘草、麻黄、大黄、枸杞、雪莲、蒲草、苇根、沙柳、沙棘、高山柳等250多种野生植物。得天独厚的资源优势构成了花土沟经济发展的基础。主要河流有阿拉尔河，发源于西南山前的潜流地，年平均径流量总计9290立方米。有大小湖泊10余个，较大的咸水湖有尕斯湖和茫崖湖。尕斯草原是政区内最大的天然草原，是发展畜牧业生产的优质牧场。