蛋白质分离器的作用是分解食物残渣和鱼粪产生的有机物。在鱼缸里，生物的排泄物和食物残渣会被腐生菌分解成氨。氨对鱼缸中的生物有害，氨的存在对海水鱼缸中的珊瑚和鱼类的伤害更大。

蛋白质分离机主要是利用机器底部抽空气体产生的泡沫，利用其表面张力吸收水中的可溶性有机物和杂质产生的蛋白质，通过气泡推入鸡蛋的污水储存箱。(一般会变成黄色液体，定期清理)用这个效果净化水质。其意义在于降低海水鱼缸中蛋白质的含量，进而控制氨的量。还有一个作用就是鸡蛋分选机底部的泵的冲击也会增加水中的溶解氧，使过滤池中的硝化细菌更有利于繁殖。实际上，蛋白质分离机最多只能去除鱼缸中50%的蛋白质和其他杂质，还有一部分需要鱼缸本身的过滤系统产生的硝化细菌来净化。