黄岗山南麓位于福建省，北麓位于江西省。黄岗山的具体地理位置在福建省武夷山市杨庄乡和江西省砚山县武夷山镇。因为黄岗山来自不同的省份，所以黄岗山的管理单位是江西省砚山县武夷山自然保护区和福建省武夷山自然保护区。