内镜消毒应选择戊二醛作为消毒剂。根据《软式内窥镜清洗消毒技术规范》，推荐使用邻苯二甲醛、戊二醛、过氧乙酸、二氧化氯、酸性氧化电位水、复方含氯消毒剂作为软式内窥镜的消毒剂。

内镜消毒需要注意什么？

内窥镜消毒需要严格遵守内窥镜清洗消毒原则，配备相应的内窥镜和清洗消毒设施，进行正确彻底的清洗，达到高水平的消毒或灭菌。

内镜的消毒应严格按照我国《内镜清洗消毒技术操作规范》进行。

内窥镜消毒后，应注意内窥镜的存放，即存放柜应保持清洁、干燥、防霉，已消毒的内窥镜及附件应按无菌物品的要求存放。